La storia degli organi in Europa inizia verso la fine del X secolo, quando soprattutto le cattedrali e le chiese abbaziali furono dotate di questo strumento. La prima cattedrale di Bressanone fu costruita nel X secolo e si può supporre che il primo organo fu installato in quel periodo. Possiamo anche ipotizzare che gli organi successivi siano stati distrutti in seguito ai numerosi e gravi incendi della cattedrale, allora in gran parte costruita in legno.

Dopo la ristrutturazione della chiesa, avvenuta nel 1503, si hanno notizie relative ai compensi: per l’organista 16 Fiorini quattro volte all’anno, mentre l’alzamantice riceveva solamente 18 Kreuzer (soldi).

La prima notizia di un organo risale al 1531, quando il capitolo invita l’organaro Meister Kaspar a costruire due organi, uno grande nel presbiterio e un piccolo positivo. A quel tempo gli organi non erano situati sulla cantoria, ma vicino al presbiterio.

L’organo principale si trovava di fronte a destra del presbiterio, all’incirca dove oggi la porta dell’altare “Rosari” (altare sacramentale) conduce in sacrestia. Il piccolo organo positivo veniva trasportato da una cappella all’altra e utilizzato nelle processioni in città. Negli anni 1620 il famoso organaro Andrä Putz (o Butz) di Passau fu invitato a restaurare, pulire e accordare l’organo. Da questo contratto apprendiamo che il grande organo aveva all’epoca dieci mantici.

Nel 1690 il capitolo invita Eugenio Casparini, organaro tedesco attivo per molti anni in Italia, a costruire un nuovo organo. Si è conservato il contratto con la disposizione fonica. L’organista all‘epoca era Johann Jacob Walter, dal quale si sono conservate parecchie composizioni per organo, edite da Ernst Kubitschek.

Nel 1745 iniziò una grande ricostruzione della cattedrale, che fu completata nel 1754. Una schiera di famosi organari si candidarono per la ricostruzione dell’organo e il capitolo della cattedrale fu molto severo e selettivo per ottenere il meglio.

Nel 1756 Franz Simnacher fu incaricato di costruire il nuovo organo, ma si ammalò e morì un anno dopo. Suo cognato, il famoso Alexander Holzhey, completò il grande organo a tre tastiere. In linea con la tradizione barocca, lo strumento presentava diversi accessori quali uccelliere, campanelli e tamburi, chiamati Stella, Aves, Cuckoo, Tympani e Glockenspiel.

Questo strumento rimase in funzione fino al 1898, quando un ulteriore trasformazione e conseguente restauro del duomo segnarono la fine dell’organo barocco.

In seguito fu costruito un nuovo organo in stile ‘ceciliano’ dai Fratelli Mayer di Feldkirch, con 39 registri, due manuali e pedale a trasmissione pneumatica. Poiché questo strumento presentava molti difetti, nel 1929 fu deliberata la costruzione di un nuovo organo corale, collocato nella parte sinistra del presbiterio. La trasmissione pneumatica del grande organo venne sostituita dalla trasmissione elettrica con l’aggiunta di una terza tastiera, collegata all’organo corale. I lavori furono affidati alla ditta Dreher & Flamm di Salisburgo.

Le aspettative ambiziose di durata e precisione in questo “nuovo” sistema non vennero realizzate e divenne sempre più urgente la necessità di una trasformazione dell’organo nel sistema più resistente di trasmissione meccanica. A causa di numerosi problemi e difetti, causati anche dal riscaldamento, nel 1977 venne decisa la costruzione di un nuovo organo dotato di trasmissione meccanica, sistemato nella splendida cassa dell’organo Simnacher. L’incarico venne assolto dalla ditta Johann Pirchner di Steinach.